檜枝岐の由来は、観光業が栄える前に林業が主な産業であった時代、まげ輪っぱに使用される木材の上質なネズコ（クロベ＝黒檜ともいう）が採れたため、その名残として現代でも頭文字に旧文字の「檜」の漢字が使用されております。

また、当館前の国道３５２号線は、古くから旧沼田街道として人々の行き来があり、すぐ近くに「口留番所」という関所がございました。

当時、当館は馬に乗っていらした際の宿場であり、宿の由来は、この関所のかぎを扱っていたため「かぎや旅館」という屋号であったと言い伝えられております。